A função primordial do Sistema Imune é discriminar o que é próprio (self) do que é estranho ou não-próprio (not-self). Este sistema é capaz de distinguir entre macromoléculas que são sintetizadas pelo próprio organismo (self) daquelas que estão sendo ou foram produzidas por organismos com genoma diferente (not-self). Dessa forma, o funcionamento desse sistema garante a manutenção da homeostase genética. O sistema imune é capaz de responder a um determinado antígeno através da atuação e interação entre células apresentadoras de antígenos, linfócitos B e linfócitos T. Quando essas macromoléculas são não próprias (not-self), o sistema imune as reconhece como estranhas e reage contra elas. Nesta situação, o antígeno é denominado imunógeno, havendo a produção de anticorpos pelos linfócitos B, ativação de linfócitos T e geração de células de memória, cuja função será eliminar ou conter esse antígeno e o microorganismo que o produziu. Alternativamente, o sistema imune pode reconhecer um antígeno como sendo próprio (self). Neste caso, normalmente não há a produção de uma resposta imune efetora, pois o sistema imune tolerante a essa molécula, esse fenômeno é conhecido como tolerância imunológica. Em determinadas situações pode haver quebra dessa tolerância e o sistema imune reage contra o próprio organismo, produzindo auto-anticorpos, podendo eventualmente desenvolver uma doença auto-imune.
Apesar do sistema imune ter evoluido para detectar macromoléculas, ele pode reconhecer e reagir contra micromoléculas, desde que estas estejam ligadas covalentemente a uma macromolécula. Neste caso a micromolécula é denominada hapteno e a macromolécula carreador. Uma vez produzido o anticorpo contra o hapteno, e concomitantemente contra a proteína carreadora, este anticorpo anti-hapteno pode se combinar com a micromolécula solúvel, mesmo sem estar acoplada ao carreador.
Os haptenos (do grego haptien = unir) reagem de forma apropriada com produtos da resposta imune, porém são incapazes de iniciá-la.
Quando ligados covalentemente a proteínas imunogênicas apropriadas (carreadores) possuem a capacidade de induzir essa resposta
O complexo hapteno-carreador comporta-se como um epítopo de célula B.
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